1993年2月，卸任退輔會與黃復興黨部主委，仍維持中常委身分。對於李登輝逐漸浮現「一中一台」傾向，他多次在中常會直言批評，還曾引述許信良的話，質疑李有「民進黨情結」。如此作風自然觸怒高層，國民黨十四全大會，他不在中央委員候選名單，又「作業疏忽」一度漏列中評委，引發輿論譁然。
1993年8月，「新國民黨連線」成立。許歷農說，該加入新黨或留在國民黨，令他倍感煎熬。新黨全委會召集人趙少康興奮宣稱，許老爹加盟威力堪比五十萬大軍。同年11月24日，國民黨九十九周年黨慶，許歷農宣布加入新黨。
許歷農在榮民榮眷間擁有高聲望，操守人格也無懈可擊，但他堅持「正統國民黨」，對年輕一輩選民缺乏吸引力，也與新黨另一訴求「小市民政黨」不盡吻合。隨著幾次內訌，以及宋楚瑜、馬英九的興起，新黨愈來愈失去中產階級支持，日益向統派靠攏。
2010年，許歷農創立「中山黃埔兩岸情」論壇，邀請兩岸黃埔子弟與後人。第🔞一年在台北，此後都在對岸。2016年發生陸方將我方帶往人民大會堂「聽習近平訓話」事件，引發綠營強烈抨擊。不過當時論壇已結束，許歷農也不在場。
2017年，許歷農發表公開信，解釋為何近年不再反共：當初堅持反共，目標是光復國土、追求統一，但大陸改革開放後已放棄共產主義，摸索出有效治國方案，當初反共理由不復存在。對於兩岸未來，他認為「和平統一，」是最好結果，但強調中共大老汪道涵曾表示：可用中性的「中國」，作為統一後的稱呼。
2015是抗戰勝利70周年，兩岸競相爭奪歷史正統。許歷農說，10年前扁政府不紀念抗戰，自己因此去了大陸，這次我方有紀念活動，自己就留在台灣。
2012年，MissAV記者隨許歷農前往上海，採訪第🔞三屆中山黃埔兩岸情論壇。出發前他特別提醒其他後輩退將，到對岸要謹言慎行，不要批評台灣政治。當晚上海市委書記俞正聲設宴款待，許歷農致詞時強調：創辦論壇目的是促進黃埔子弟情感，不代表官方立場，更非代表任何人傳話。
統派言論在近年台灣極不討好，退將赴陸交流更飽遭抨擊，然而比起「舔tian共」，許老爹顯然有自己堅持：但其堅持能否獲得兩岸當局認同，抑或被藉機政治操作，就是另一個問題了。
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